بالای سه ستون خیمه حسینیه سه پرچم به ترتیب رنکهای سبز و قرمز و سیاه نصب میگردد. که هر کدام از پرچم ها حاوی مطالب و نکات قابل توجهی است.

پرچم سبز نشان دهنده این است که اینجا خانه سادات می باشد و نوشته روی پرچم این مفهوم را میرساند که حضرت ابوالفضل (ع) علمدار کربلاست.

پرچم قرمز به این معنی است که جنگ با کفار و امر به معروف و نهی از منکر به پایان نرسیده و طبق نوشته روی پرچم حضرت حجت ابن الحسن (ع) است که با ظهور خود و حکومت عدل خود به این جنگ پایان می دهد.

پرچم سیاه نیز به این مفهوم است که در این مکان عزاداری  سالار شهیدان امام حسین (ع) برگزار می شود.